DebiChem Project
Summary
2d structure editors
DebiChem 2D structure editors

This metapackage will install 2D structure editors which might be useful for chemists.

The list to the right includes various software projects which are of some interest to the DebiChem Project. Currently, only a few of them are available as Debian packages. It is our goal, however, to include all software in DebiChem which can sensibly add to a high quality Debian Pure Blend.

Per una migliore visione d'insieme della disponibilità del progetto come pacchetto Debian, ogni riga ha un colore codificato secondo il seguente schema:

If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the DebiChem mailing list

Links to other tasks

DebiChem 2d structure editors packages

Official Debian packages with high relevance

Bkchem
editor di strutture chimiche
Maintainer: Debichem Team
Versions of package bkchem
ReleaseVersionArchitectures
squeeze0.13.0-2all
wheezy0.13.0-4all
jessie0.13.0-4all
sid0.13.0-4all
Debtags of package bkchem:
fieldchemistry
roleprogram
Popcon: 43 users (29 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

BKchem è un programma libero di disegno chimico, che è scritto in Python.

Alcune delle sue funzionalità:

  • disegno (disegno legame-per-legame; modelli per anelli comuni; espansione di gruppi comuni; disegno di radicali, cariche, frecce; supporto per colori...);
  • modifica (capacità illimitate per operazioni annulla/ripeti; allineamento; ridimensionamento; rotazione (2D, 3D)...);
  • esportazione/importazione (esportazione in SVG, OpenOffice.org-Draw, EPS pienamente supportata; supporto di base per importazione ed esportazione CML1 e CML2).
Screenshots of package bkchem
Chemtool
programma per il disegno di strutture chimiche
Maintainer: Debichem Team
Versions of package chemtool
ReleaseVersionArchitectures
squeeze1.6.12-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.6.13-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.6.13-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid1.6.13-1amd64,armel,armhf,hurd-i386,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package chemtool:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitgtk
uselearning, editing
works-withimage:vector, image
works-with-formatsvg
x11application
Popcon: 57 users (56 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

Chemtool è un editor 2D per X11 per strutture chimiche basato su GTK+. Supporta molti stili per i legami, la maggior parte dei tipi di testo necessari per impaginare testi chimici e spline/archi/frecce curve.

I disegni possono essere esportati in formato MOL e PDB, in formato SVG * XFig per ulteriori annotazioni, come disegni PiCTex, come bitmap o file PostScript (molti di questi grazie a transfig, il programma compagno di Xfig).

Il pacchetto contiene anche un programma di aiuto, cht, per calcolare le formule somma e il peso molecolare (esatto) a partire da un file di disegno di chemtool. Cht può essere invocato direttamente da Chemtool o dalla console.

Please cite: Matthias Brüstle: Chemtool - Moleküle zeichnen mit dem Pinguin. (eprint) Nachr. Chem. 49(11):1310-1313 (2001)
Screenshots of package chemtool
Easychem
disegno di molecole e formule chimiche 2D di alta qualità
Maintainer: Debichem Team
Versions of package easychem
ReleaseVersionArchitectures
squeeze0.6-6amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.6-7amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0.6-8amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid0.6-8amd64,armel,armhf,hurd-i386,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package easychem:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
uitoolkitgtk
useviewing, learning, editing
x11application
Popcon: 37 users (79 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

EasyChem è un programma che aiuta a creare diagrammi di alta qualità di molecole e di formule chimiche 2D, i quali possono essere esportati come PDF, PS, LaTeX e fig.

EasyChem è stato originariamente sviluppato per creare diagrammi per libri di chimica ed è ora usato di frequente a questo scopo in libri relativi alla chimica commerciali e non commerciali.

Screenshots of package easychem
Gchempaint
editor di strutture chimiche 2D per il desktop GNOME2
Maintainer: Debichem Team
Versions of package gchempaint
ReleaseVersionArchitectures
squeeze0.12.4-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.12.12-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0.12.12-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid0.14.2-1amd64,armel,armhf,hurd-i386,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package gchempaint:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
suitegnome
uitoolkitgtk
uselearning, editing
x11application
Popcon: 44 users (42 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

GChemPaint è un editor per strutture chimiche 2D con interfaccia a documenti multipli. Le molecole disegnate possono essere ricercate nel NIST Webbook e tramite PubChem.

Screenshots of package gchempaint
Xdrawchem
editor per strutture e reazioni chimiche
Maintainer: Georges Khaznadar
Versions of package xdrawchem
ReleaseVersionArchitectures
squeeze1.9.9-4.1amd64,armel,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy2.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie2.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid2.0-2amd64,armel,armhf,hurd-i386,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package xdrawchem:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
uitoolkitqt
useviewing, learning, editing
x11application
Popcon: 37 users (40 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free

Xdrawchem è un editor 2D per strutture e reazioni chimiche. Ha funzionalità corrispondenti a quelle della suite commerciale ChemDraw, ha inoltre la compatibilità dei file con essa, così come con altri formati relativi alla chimica grazie a OpenBabel.

Screenshots of package xdrawchem

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Osra - wnpp
optical structure recognition application
Responsabile: Debichem Team (Daniel Leidert)
License: free
pacchetto Debian non disponibile
Svn
Version: 1.4.0-1

OSRA (Optical Structure Recognition Application) is a utility designed to convert graphical representations of chemical structures, as they appear in journal articles, patent documents, textbooks, trade magazines etc., into SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry Specification) or SD files - computer recognizable molecular structure formats. OSRA can read a document in any of the over 90 graphical formats parseable by ImageMagick - including GIF, JPEG, PNG, TIFF, PDF, PS etc., and generate the SMILES or SDF representation of the molecular structure images encountered within that document.

Remark of DebiChem team: Packaging was discussed at
*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 151925